一、会不会污染本土作物？自家留种要特别小心
污染当然是有可能的。报导中就指出墨西哥原生种玉米遭基改污染的严重情形。墨西哥的污染早在2001就被发现并写成论文刊登在Nature期刊。这可触犯了孟山都，居然发动攻势，利用大量电子信函指责查裴拉博士(Ignacio Chapela)的研究不当，导致该期刊在2002年撤销论文，连工作也不保。后来他人的研究证实传统玉米的确受到污染，论文才能重新登回电子版，而柏克莱大学也给予终身教职。
玉米花粉的飘散距离颇长，因此污染到本土栽培玉米的机会当然是有的。墨西哥所以特别严重，是因为当地人仍然保持留种自种原生米品种，因此较容易被自生基改玉米污染。其他国家包括我国目前农民率多购买杂交一代种子，那是种子公司在特定地区采种所得，也比较会防止花粉污染。
农人所种的玉米田，万一被路旁自生基改玉米的花粉给沾上，也只有那几粒玉米带有来自基改花粉的基因，而且会被当饲料或者食物利用而消失，不会作为播种，因此没有机会「落地生根」。
不过目前提倡农民留种，因此种自留种玉米的朋友，或者在本土进行玉米采种的公司、机关要小心，不要在报导文所画出来的运输路线一公里之内种植。当然，上策是政府针对基改产品的运输加强管理，不要让大家担心。
墨西哥原生种玉米遭基改污染情形，黑色圆圈为污染地点（数据源/Testbiotech的2013年调查报告《Transgene escape – Global atlas of uncontrolled spread of genetically engineered plants》）
二、甜玉米杂交一代种子 留意是否已受污染
在玉米上还有一个问题要小心。我们每年由美国进口不少甜玉米杂交一代种子来作为生产。美国甜玉米虽然有大多是非基改品种，但是也有好几支基改品种上市。我国目前尚未允许种植基改作物，因此种子进口商大概不会进口单价较高的基改甜玉米种子。然而要注意的是所进口的甜玉米种子本身有没有受到基改花粉污染，或夹杂基改种子。有的话，那基改玉米「落地生根」的机会可能反而更高。因此政府应该在海关加以抽验把关。
三、农民购买便宜基改豆当绿肥 问题更严重
大豆的情况与玉米不同。大豆花粉污染的距离相当短，采种手册只规定3公尺，因此基改大豆运输落下飘散的地方，若3公尺内没有种植大豆，就不会造成污染。不过农民种大豆常会留种，因此留种时靠马路的边行3公尺范围内不要采种，以防万一。
比较麻烦的是有农民买便宜的基改大豆种子播种当绿肥。由于政府休耕补贴政策要求农民种绿肥，因此部分农民会在种子行购买进口当油料饲料用的基改黄豆种子使用。虽然绿肥不会吃到肚子，但是在农业生产区种基改绿肥，这就比固定的运输路线上自生基改黄豆还来得严重了。
四、基改种子会不会发芽？不是有所谓的「绝育（自杀）种子」？
答案显然是肯定的，种子刚采收时具有高度活性，发芽试验常达百分百。但是经过储藏，活性会下降，温度、湿度越高，降得越快。这可以解释，为何大宗进口的基改豆通常发芽率都很差。
然而还不少人听说基改种子不会发芽，这就有说明白的必要了。的确是有所谓「绝育(自杀)种子Terminator Seeds」，制作的方式还不只一种。
例如基改公司把毒素基因以及制毒基因转殖到大豆，公司在重复繁殖种子的过程由于制毒基因的作用，因此毒素基因不克表现，生产出来的种子(图A、B)是活的。在最后一次采种准备卖给农民时，会在田间施用药剂，除掉制毒基因，这时候所产生的种子(C)只带有还没有机会表现的毒素基因。农人买了C种子种在田间发芽成长一切正常，可是在种子发育时，种子照样成熟，但毒素基因开始作用(D)，种子虽然长得饱满，却已丧失活性，无法留种。
五、基改公司垄断种子三方式
基改公司为何要研发绝育种子呢?道理很简单，基改种子研发经费庞大，想赚大钱的大公司非但要提高种子售价2到5倍，更进一步想垄断种子，不让农人留种，农人只好每年花钱买。
其实基改公司垄断种子的方式有三：并购、技术与专利。化工公司从1990年代开始并购种子公司，研发基改种子。到了2011年五家公司在国际种子市场占有高达53%。美国所有制糖用甜菜种子公司几乎都被并购，基改公司根本不卖非基改甜菜种子，农民只能买基改品种。
并购导致的种子垄断以孟山都最夸张，法院曾以环评不足为理由，暂时禁止孟山都生产基改甜菜种子。然而美国农部以不让公司生产贩卖种子，美国来年就会缺糖为由，还是让孟山都生产。
技术上的垄断主要是杂交一代种子(或称为交配种种子)。杂交一代种子于1920年代开始发展，其生长计为整齐，产量也高，因此农民喜欢种。然而当农人留种到下一回种植，却发现第二代以后虽然种子可以发芽，但田间的表现极为参差不齐，不具商业价值，因此只好每年购买杂交种子。目前四大基改作物中的玉米、油菜、棉花卖的都是杂交种子，造成垄断的局面。
然而独独黄豆没有作成杂交一代种子。不是没办法，而是因为黄豆种子很不好杂交，每一次杂交又只能长出两三粒种子，根本是无法作商业生产。这个时候专利就很好用。透过专利保护，美国豆农只好年年缴权利金。虽然不少农民依习惯留种，孟山都曾派员检查1800个以上的农户，发现400多家可能侵犯专利权，此挨告受罚的金额平均约10万美元。
六、2000年通过禁止绝育种子的商业生产
其他国家很多都没有立法让专利可以保护种子，基改公司也可以透过契约，强制农民照缴权利金。然而缺乏法律保障还是有风险，有些国家还是不认账。例如去年因为第二代基改棉产量欠佳，农民对于基棉种子高额权利金深表不满，导致印度政府要求孟山都取消权利金。同样的在阿根廷，孟山都也拿不到基改黄豆的权利金，阿国农民还是会留种自播。
无法作杂交一代，在国外专利又没有保障，怪不得孟山都未雨绸缪，老早就做好黄豆的绝育种子，希望用新技术让农民无法留种。但是种子的终结者技术实在太霸道，消息一曝光马上引起全球哗然。生物多样性国际公约就在2000年通过禁止绝育种子的商业生产。
总之，是有技术可以让基改种子一生下来就没活性，不能发芽。然而这类绝育种子尚未生产贩卖。所以新鲜的基改种子是活的，可以发芽。但是储藏条件不好会让种子死得快。
